Храм был построен на участке, приобретённом при участии архимандрита Антонина (Капустина) в 1868 году. Ещё до строительства церкви на купленной земле был построен странноприимный дом для православных паломников, прибывавших в Палестину через порт Яффа, выкопан колодец, посажены плодовые (апельсины, лимоны, маслины, гранаты, смоквы) и декоративные (кипарисы, эвкалипты, сосны) деревья.
Как правило, маршрут таких паломников лежал в Иерусалим через селения Рамле, Лод и Абу-Гош в сопровождении охраны и представителей Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, а с 1882 года и Императорского Православного Палестинского Общества. Значимость пристанища для паломников еще более увеличилась после открытия Яффо-Иерусалимской железной дороги.
В строительстве храма, начатом 6 октября 1888 года в присутствии великих князей Сергея и Павла Александровичей и великой княгини Елисаветы Федоровны, принимали участие итальянские мастера и местные жители, иконы писал художник и критик А. З. Ледаков. 16 (28) января 1894 года церковь была освящена патриархом Иерусалимским Герасимом в сослужении митрополита Петра Аравийского и архиепископа Иорданского, а также архимандрита Антонина.
К концу XX -го века храм, как и прочие здания подворья, обветшали. Активные восстановительные работы начались в 1995 году и завершились к 2000 году при игумене Пимене (Хараиме), бывшем ключарём подворья до конца 2010 года.
В ноябре 2008 года сообщалось, что налоговое ведомство Израиля предъявило иск Русской духовной миссии за неуплату налогов на «неиспользуемую землю»; под арестом якобы оказался участок подворья в Яффе площадью 3.2 гектара.
Храм був побудований на ділянці, придбаній за участю архімандрита Антоніна (Капустіна) у 1868 році. Ще до будівництва церкви на купленій землі було збудовано дивно будинок для православних паломників, що прибували в Палестину через порт Яффа, викопано колодязь, посаджено плодові (апельсини, лимони, маслини, гранати, смокви) і декоративні (кіпариси, евкаліпти, сосни) дерев.
Як правило, маршрут таких паломників лежав до Єрусалиму через селища Рамле, Лод та Абу-Гош у супроводі охорони та представників Російської Духовної Місії в Єрусалимі, а з 1882 року і Імператорського Православного Палестинського Товариства. Значимість притулку для прочан ще більше збільшилася після відкриття Яффо-Єрусалимської залізниці.
У будівництві храму, розпочатому 6 жовтня 1888 року у присутності великих князів Сергія та Павла Олександровичів і великої княгині Єлисавети Федорівни, брали участь італійські майстри та місцеві жителі, ікони писав художник та критик О. З. Ледаков. 16 (28) січня 1894 року церква була освячена патріархом Єрусалимським Герасимом у співслужінні митрополита Петра Аравійського та архієпископа Йорданського, а також архімандрита Антоніна.
До кінця XX століття храм, як і інші будівлі подвір'я, занепали. Активні відновлювальні роботи розпочалися у 1995 році і завершилися до 2000 року за ігумена Пімен (Хараїма), колишнього ключаря подвір'я до кінця 2010 року.
У листопаді 2008 року повідомлялося, що податкове відомство Ізраїлю пред'явило позов Російської духовної місії за несплату податків на землю, що «не використовується»; під арештом нібито виявилася ділянка подвір'я в Яффі площею 3.2 га.